棕地治理困难
棚户区大多依附于厂矿生产区，按土地性质多属于工业用地。工业企业关停退出或棚户区改造腾退后的土地，实际上就是棕地。西方发达国家的经验表明，棕地由于经过工业长期污染，土壤治理成本很高，很多都被迫废弃。我国的棚户区所在的地块多处在市区较好的地段，不治理就使用，有可能危及人民生命健康；废弃则是对本来就紧张的城镇建设用地的极大浪费；治理则关系到高昂的成本。棚户区改造经常面临这样的三难选择。
空间布局改造难度大
工矿棚户区起始建设围绕工厂进行，分布七零八落，中间布局着工厂、车间，或者铁路专用线。能够连接起来的棚户区，可能只有几十户，拆迁难度大，开发难度也大，开发效益不足以弥补开发成本，导致改造缓慢。
发展基础差
棚户区的破败是伴随资源型企业、工厂效益变差产生的，这些地区人员密集，收入水平较低，经济基础差；另一方面，棚户区是为以前的工矿企业配套的生活区，虽然计划经济时代企业会建设一些基础设施，但缺乏合理规划，同时受条件限制，基础设施和城市环境都较差。
存在贫困文化
我国工矿棚户区的产业工人群体形成于计划经济时代，那个时代的教育是讲求无私奉献，在个人分配上实行的是平均主义的供给制，全民对财富的追求都不被提倡和鼓励，甚至有意地进行抑制。向市场经济转型以后，棚户区居民中占主体的“4050人员”和产业工人群体固有的传统观念就影响了在市场竞争条件下的经济地位，加上企业关停并转和改制，工人下岗、分流、失业，他们由当年的企业主人翁转变为低收入的弱势群体。弱势地位随着时间的延续，很容易形成棚户区特有的贫困文化。
人类学家刘易斯通过对墨西哥和波多黎哥贫民区居民的研究提出，“当一群人几代都处于贫困状态的时候，就会造成贫困者同主流社会的相对分隔，从而产生一种适应这种贫困状况的贫困文化”，包括屈从意识、不愿意规划未来、没有实现理想的能力以及怀疑权威等。
棚户区的孩子在6-7岁时通常已经吸收贫困亚文化的基本态度和价值观念，他们在心理上，不准备接受那些可能改变他们生活的种种变迁的条件或改善的机会，这在一定程度上会导致棚户区居民贫困状态的延续。
存在路径依赖
路径依赖有很多种，一般来说是一个中性词，不一定都是消极的。最有名的例子是马屁股的宽度决定火车轨道的宽度。以资源城市对资源型发展模式的路径依赖在棚户区居民有着同步的体现。资源型城市的棚户区居民对资源的依赖体现得更为明显和具体。在一些资源型城市棚户区，其周围区域提供的余矿和零散资源，企业的沉淀资本，平房住宅以及少量荒芜土地，是棚户区居民获取收入的重要途径。棚户区改造后，切断了居民与这些资源之间的联系，暂时缺失了这种获取收入的途径，但短时间内又难以获得新的维持生计的路径，无法获得收入，难以维持新的生活要求。改造后，新居民小区的物业管理费用虽然比较低，居民生活成本还是会相对显著上升。最明显的，从平房到楼房，居民在燃料、冬季取暖、自来水费用、物业管理费以及蔬菜购买等各方面的生活成本都会提高。在居民没有获得新的收入来源的情况下，他们没有能力维持改造成果。例如黄石市棚户区的很多居民在改造中就拒绝拆迁搬进新小区，因为在棚户区用水可以使用山泉水，还能使用工厂为居民提供的廉价工业用电和廉价热水，物业管理费之类的杂七杂八的费用根本没有。棚户区大都依山傍水，边边角角的零星空地利用很不充分，有大量的空地可以开荒种菜，这样吃菜的钱基本上也省下来了，月人均伙食费100多元就足够维持。而搬进小区以后，光物业管理费一个月就要至少100多元，几乎相当于一个人一个月的伙食费。
棚户区的落后机能和贫困机制没有得到改造，只进行房屋重建，那么重建后的安置小区往往出现三种结果：一是安置小区需要政府长期补贴，形成沉重的政府债务；二是居民出卖楼房、退回平房并形成大面积新的棚户区；三是居民拖欠各种费用并造成楼房破损，形成“楼房棚户区”。这三个原因，加之未改造的棚户区，房屋建设不规范，且随着人口越积越多，改造更加困难，造成棚户区的延续存在。
当然，贫困文化本身也是形成不良路径依赖的因素之一，有时候甚至会成为主导因素，前面已经提到，不再赘述。