农业部是在5月下旬正式启动“十三五”规划的编制工作。9月初，农业部又召开了“十三五”规划的前期重大课题研究启动会，全面部署规划前期的一系列工作。按照农业部整体部署，参与研究课题组将在年底向农业部提交研究初稿，并在明年3月底前提交最终研究成果。
据农业部内部人士所说，农业部“十三五”规划中的14个专题是，“十三五”农业农村经济发展面临的形势、推进中国特色新型农业现代化、推进新形势下 国家粮食安全、优化农业生产力布局、改善农业基础设施条件、农业可持续发展问题等；50个课题则包含，深化中央农业投资管理体制改革研究，调动民间资本和 金融资本参与农业农村基础设施建设机制研究，加快发展现代种业研究，加强农村金融保险支持研究等。
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