高效生态农业是集约化经营与生态化生产有机耦合的现代农业，其主攻方向是以市场绿色消费需求为导向，以提高农业市场竞争力和可持续能力为核心，兼有高产高效与优质安全的可持续发展的特征。与自然生态农业相比，高效生态农业是既偏重维护自然生态平衡，又注重实现高产出目标的农业发展形态与技术体系。实践证明，发展高效生态农业既符合区域资源禀赋实际，注重强化内涵与创新驱动，又能够顺应现代农业发展趋势，注重强化效率与产业经营。从发展战略层面思考，必须着力把握好五个重要环节：
一是在宏观决策方面，要切实重视高效生态农业发展。要加强科学规划与顶层设计，制定生态农业发展的路线图，确定高效生态农业发展的重点领域、重点产业、重点区域，并配以切实可行的生产标准、有效机制与政策设计。要尽快研究制定并引导实施《高效生态农业发展条例》，将高效生态农业纳入一二三产业融合的发展轨道。针对农村耕地确权颁证之后，耕地流转中出现的一些矛盾与问题，建议国家研究并尽快出台《土地流转实施办法》,以规范农民在发展高效生态农业过程中的生产与经营。
二是在空间布局方面，要着力高效生态农业功能发挥。首先，要基于不同区域的生态资源条件，以及《全国主体功能区规划》所明确的农产品主产区“七区二十三带”生产的要求，优化发挥各个地域的生产、生态、生活、文化等多功能性。在省域层面上，要因地制宜制定高效生态农业发展计划与实施方案。其次，明确不同区域内高效生态农业发展的核心问题、重点目标以及乡村产业适宜发展模式、规模，以促进不同区域在县（市）特色现代生态农业发展的总体规划框架下，编制各个乡镇高效生态农业建设项目与实施方案。
三是在有效引领方面，要完善高效生态农业技术体系。要从不同类型与不同区域高效生态农业发展的实际出发，对传统农业技术精华与现代农业先进技术进行复合集成，力求完成从单一技术向综合技术的转变，进而有效发挥集成技术的综合优势，力求满足高效生态农业发展对先进便捷技术的需求，以实现高效生态农业转型升级与增量提质。要着力提升现代高效生态农业基地建设水平。要将产地安全—过程安全—产品安全统筹考虑并进行全程监管。就生产管理而言，必须合理转变经营主体、优化建立示范基地。在不同区域应立足自身生态资源、社会经济条件以及农业发展的传统，选择最优经营主体，因地制宜开展新技术试验示范、成果转化，建设一批现代高效生态农业技术示范与生产基地。
四是在保障质量方面，要确保各类产品产量质量安全。高效生态农业的特征决定了水土资源及其生态环境是优质生产的根基，应采取有效措施强化生态资源保护。要加大水土资源的保护与污染治理力度，力求有效降低化肥、杀虫剂、除草剂等化学投入品的施用强度，减少对水土资源的污染。要因地制宜建立农药包装物、塑料薄膜的回收机制，降低化学品对水土资源的二次污染。要探索建立种植业、养殖业协调发展的产业体系，提高规模化养殖废弃物的资源化循环利用效率，确保农产品质量安全。要规范农产品质量认证机构的行为，确保认证农产品的市场信誉。
五是在综合开发方面，要依靠科技创新提高经营效益。首先，要规范农业生产资料的生产行为。化肥生产企业应根据区域测土配方施肥项目提供的土壤养分信息，生产并满足区域需要的肥料。加大生物农药技术的示范推广。加大可降解薄膜的生产与推广，减少白色污染的发生。注重养殖业饲料生产监管，制定严格的生产标准，杜绝重金属元素的添加。其次，要规范农业生产主体的生产行为。构建更加严格的农产品质量标准体系，并强化农产品质量安全检测监督。利用“互联网+”技术，建立连接农产品生产、销售、消费完整渠道的追溯体系，确保农产品质量安全。
以绿色发展理念助力农业供给侧结构性改革，必须大力推进高效生态农业体系建设，走产出高效、产品安全、资源节约、环境友好的农业现代化道路。当前，我国农业正处于常规农业向现代农业转型进程中，肩负着从单一化生产向多功能产业升级的历史使命。高效生态农业是集约化经营与生态化生产有机耦合的现代农业，其建设核心是发展优势产业，通过规模集约经营，推进现代生态循环农业产业化；其根本目的是提高农业综合效益，促进百姓增收致富；其建设基础是保护农业生态环境，保持资源节约、生态良好和农业可持续发展能力。
就发展基础而言，目前发展高效生态循环农业具有较好的基础条件，主要体现在三个方面：一是农业可持续发展已成为共识；二是农业科技进步奠定了基础，科学技术成为农业发展和农民增收的关键因素，对农业增长的贡献率不断提高；三是新型生产经营体制正在逐步趋于完善。集约化经营、规模化基地是成就高效生态农业发展的必要条件。
就创立机制而言，必须针对生态农业发展所面临的资源与环境双重约束，着力创新相应的管理与引导机制。一是建立生态指标约束机制。强化“生态红线”意识，加强区域生态资源对实现农产品质量安全的保障。二是建立农业生态补偿机制。要明确补偿行为、补偿主体与补偿对象。以政策调控与经济激励来带动农民从事高效生态农业生产。三是不断完善监督评价机制。以各级农业资源环境管理部门为主体，对不同区域生态农业的运行效率、生态效益进行客观评价，以作为区域政府绩效考核的重要指标，突出地方政府在发展高效生态农业中的主责地位。探索并试行农业产业绿色GDP的考核制度，带动乡村绿色GDP考核逐步地走向成熟。
就发展对策而言，加快现代高效生态农业发展，应当结合区域实际，以绿色理念为引领，以提高发展质量和效益为中心，加快转变农业发展方式。具体来说，要强化以下四个工作措施。
健全高效生态循环农业发展的良性机制。在政府给予政策和财政经费支持的前提下，发挥市场的驱动力和调节作用，建立兼容生态价值的农产品价格形成机制，有利于高效生态农业在政策和市场的双重驱动下得以长足发展。各级政府农业管理部门要在投资、信贷、补贴、税收等方面给予政策倾斜和资金扶持，逐步健全高效生态农业发展和农业生态环境保护的投入机制与激励机制。探索建立区域生态农业补偿机制，着重向扶贫开发重点县、水土流失重点县、重要生态功能区和自然保护区倾斜，明确补偿环节和补偿主体，完善补偿标准和操作规范。
建立区域高效生态农业产业集聚示范区。根据各地域自然资源和生态环境特点，进行高效生态农业的循环系统设计、景观格局规划和生物多样性的维护。在高效生态农业发展重点县域 (乡镇)范围内进行更为细致的功能区划分，识别生态保护区、生态敏感区以及生产适宜发展区，优化种植业和养殖业的空间布局，完善基于生物多样性的生物防治。设立区域高效生态农业示范区和重要农产品生产保护区，通过集成应用绿色生产技术，提高农业生产管理水平，推进区域生态农业的绿色化、产业化和高效化。
强化高效生态农业的绿色技术集成创新。要着力为高效生态农业发展提供更大的科技投入支持，引导有关高校、科研院所与企业建设产业技术研究院，开展高效生态农业的关键绿色技术的协同攻关，力求在生物育种、生物肥料、生物农药、污染生物修复、智慧农业及设施农业技术等方面寻求突破。鼓励和支持包括现代农业高新技术、传统生态农业实践精华、农民累积的经验等在内的农业绿色技术组装集成，着力推进本地化、规模化和规范化的集成创新。鼓励农业科学与其他学科、技术的交叉融合，实现高效生态农业技术的创新突破与协同创业。
不断完善权责结构合理的经营管理体系。高效生态农业发展需要制定相应的协调机制，建立有充分授权和广泛协调能力的统筹机制。要研究制定高效生态农业发展的中长期专项规划，明确思路定位，提出发展目标，划定重点任务，把脉制定策略，细化具体措施，保障实施条件。要强化制度法规建设，完善耕地保护制度与农业补贴制度等。同时，要落实畜禽规模养殖环境影响评价制度，强化农业生态环境保护责任制，加大对畜禽养殖业等农业面源污染和土壤环境治理，深入开展土壤修复示范试点，逐步实施集成推广。