《意见》明确：“落实税费减免政策。对棚户区改造项目，免征城市基础设施配套费等各种行政事业性收费和政府性基金。落实好棚户区改造安置住房税收优惠政策，将优惠范围由城市和国有工矿棚户区扩大到国有林区、垦区棚户区。电力、通讯、市政公用事业等企业要对棚户区改造给予支持，适当减免入网、管网增容等经营性收费”。
住建部表示，按照现行政策并结合《意见》的规定，各类棚户区改造可享受的税费优惠政策包括以下三方面：
一是棚户区改造安置住房税收优惠政策。主要包括建设用地免征城镇土地使用税；免征涉及的印花税、土地增值税；免征或减半征收契税、个人所得税。棚户区改造安置住房建设和通过收购筹集安置房源的，执行经济适用住房的税收优惠政策。电力、通讯、市政公用事业等企业对城市和国有工矿棚户区改造给予支持，新建安置小区有线电视和供水、供电、供气、供热、排水、通讯、道路等市政公用设施，由各相关单位出资配套建设，并适当减免入网、管网增容等经营性收费。
二是棚户区改造项目免征行政事业性收费和政府性基金。免收的全国性行政事业性收费包括防空地下室易地建设费、白蚁防治费等项目；免收的全国性政府性基金包括城市基础设施配套费、散装水泥专项资金、新型墙体材料专项基金、城市教育附加费、地方教育附加、城镇公用事业附加等项目。
三是企业参与政府统一组织的工矿(含中央下放煤矿)棚户区改造、林区棚户区改造、垦区危房改造的，对企业用于符合规定条件的支出，准予在企业所得税前扣除。现行政策规定国有工矿企业、国有林区企业和国有垦区企业用于政府统一组织的棚户区改造支出，准予在企业所得税前扣除。这一规定调动了企业参与棚户区改造的积极性，起到了良好效果。为进一步调动企业积极性，新的政策中，将允许棚户区改造补助支出在企业所得税前扣除的范围，取消了仅可为国有企业的限制。