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综合南京市的资源优势、区位优势、产业基础、发展机遇，“十二五”期间我院将南京农业发展总体定位于现代都市农业：以”农”为本，”三生”和谐；依托城市，发展农村；服务城市，富裕农民；城乡统筹，一体发展。
定位于现代都市农业，意味着在统筹城乡发展的背景下南京农业发展要满足城市发展要求和市民消费要求。这种发展导向连接了城乡，带动了消费，促进了生产，将单一的农业生产功能拓展为生产、生态、生活等多项功能。通过产业的功能拓展将农业融入城市、服务城市，使农业和农村成为南京城市发展的有机组成部分，进而提高经济效益，实现农民增收。
通过突出发展园区农业、巩固发展设施农业、加快发展有机农业、大力发展加工农业、培育发展合作农业和创新发展休闲农业，重点实施十大工程：农业”1115“工程、农业综合开发工程、”绿色南京“工程、清洁能源工程、园区农业工程、设施农业工程、有机农业工程、加工农业工程、合作农业工程和休闲农业工程。发工程、”绿色南京“工程、清洁能源工程、园区农业工程、设施农业工程、有机农业工程、加工农业工程、合作农业工程和休闲农业工程。