两部门发布的《关于进一步做好棚户区改造相关工作的通知》提出，2016年中央财政将继续加大对各地棚户区改造工作的支持力度，中央补助力度不低于上年；省级财政也要增加投入，加大对财力困难市县棚户区改造工作的支持力度；市县财政要按规定渠道落实资金来源，通过一般公共预算、政府性基金预算、国有资本经营预算等多渠道筹集棚户区改造资金并及时拨付资金。其中，地方政府债券筹集资金要继续向棚户区改造倾斜。
为降低棚户区改造成本，两部门要求各地对棚改项目严格按规定免收各项行政事业性收费和政府性基金；对棚改安置房建设用地，按规定实行划拨方式供应的，除依法支付征地补偿和拆迁补偿费用以外，免缴土地出让收入；对棚改项目涉及的税收按规实行减免优惠政策。
两部门还提出，各地要积极引导棚改居民优先选择货币化安置方式。特别是对于商品住房库存量较大、市场房源充足的地方，进一步提高棚改货币化安置比例。同时，各地要严格遵循政府采购程序，确保安置住房采购公开公平公正，并推进政府购买棚户区改造服务，做好与棚户区改造贷款衔接工作。
两部门明确，对2015年底以前开工的棚改续建项目，可继续按已签订合同规定发放棚户区改造贷款，不纳入地方政府债务，地方政府不得出具任何形式的担保函；对需由政府主导运作的2016年新开工棚改项目，要按规定实施政府购买服务，一律不得通过融资平台公司等企业举借政府债务。
两部门还表示，将采取财政奖补资金倾斜、加大转移支付力度等有效措施，妥善解决财力困难市县资金问题，并继续落实棚改贷款贴息政策，引导社会资本参与棚户区改造。