特色小镇的诞生，就是对区域治理模式的一次全新探索，是开发区治理模式在达到一定高度后的突围转型。
一、特色小镇超越开发区模式，主要体现有4点：
1、特色小镇是对治理要素的综合利用
总面积3平方公里左右、核心区面积1平方公里左右的特色小镇，不可能像过去开发区建设那样采用“摊大饼”的方式，通过粗放型经营推高经济总量。特色小镇的“特”，必须从创新中寻求、从资源优化重组中寻求，最终形成自身的竞争优势。特色小镇战略是真正意义上的“底层要素创新”，也有力破解了传统开发区模式遭遇的土地瓶颈。
2、特色小镇能有效回应多元化公共服务诉求
开发区模式秉持的是一种典型的发展型政府逻辑，经济成长指标是开发区管理机构的中心任务，其公共政策难以反映、平衡日益多元化群体的差异化诉求。“特色小镇”建设则把企业、创业人员、旅游者、本地居民等不同群体、不同层次公共服务需求融为一体，相互补强和增进。特色小镇战略实现的经济发展成就迅速转向社会建设成果，使全体社会民众可以更快分享经济、产业成长带来的好处，真正实现“人本”意义上的产城融合。
3、特色小镇”理顺了政府、市场与社会的关系
开发区模式下“管委会－公司”的组织架构使政府能有效整合、动员各类经济要素，在这个过程中政府是引领者，而其他市场和社会主体是跟随者，市场机制服从于政治机制；但“特色小镇”则是聚合政府、市场与社会资源的空间与平台，政府资源能够利用“小镇”作为载体与市场、社会资源实现更好的协同合作。政府不再直接介入大规模的建设与投融资工程，政府“公权力”与市场“私行为”得到有效区隔，进而大大降低权力滥用的风险。
4、特色小镇能形成有效问责机制
由于区域开发工程往往涉及多元要素，责任链条不够清晰，尤其我国对决策权的问责仍缺少有效手段，“审批制”园区设立模式往往存在责任虚置的问题。特色小镇建设则用“创建制”代替传统的审批制，“宽进严定”“能进能出”的原则，以及公示考核的流程，都保证“特色小镇”创建并非一劳永逸的过程。
二、特色小镇仍处于探索试点阶段，首先要解决4个大问题：
1、发展理念转换的挑战
从传统的“开发”模式转向特色优势培育策略，需要政府尤其主要领导具有更加宽广的视野、更加长期的布局，避免“立等可取”“立竿见影”的惯性思维。对于很多习惯了传统“开发区”治理模式的领导干部而言，业绩理念要从“显性化”到“隐性化”转变，投资理念要从粗放化转向精细化，经营理念要从直接操办转向培育、养成，竞争理念要从同业竞争走向错位竞争。
2、政府能力提升的挑战
从开发区模式转换到特色小镇模式，政府不再直接进入市场参与竞争，但这绝不意味着政府职能的弱化。相反，政府越来越多地要作为方向的引领者、规则的制定和维护者、制度的供给者，对政府的能力要求更高，新的角色要求领导干部、工作人员要有更多的能力提升。而这种政府能力的提升，是无法通过“全员招商”等简单方式来实现，需要创新制度、提升官员个人能力。
3、优质化公共服务的挑战
早期开发区模式的竞争力主要依靠“政策扶持”与“制度红利”，通过特殊的税收、用地优惠政策增强外来投资的吸引力。随着开发区特殊政策逐渐取消，其竞争力则主要体现在产业链条完备、基础设施优越以及政府机构精简等方面。而“特色小镇”想吸引优质资本、打造特色优质产业，必须依托于更加优质的公共服务，这既包含了自然风貌、生活配套等“硬”设施，更涵盖优质化的医疗、教育资源、政府公共服务水平等“软”配套。
4、特色优势产业营造的挑战
特色小镇的区位限制，使其难以通过大规模土地开发拓展产业规模，必须通过对既有土地上资源的优化盘活实现效益升级。提高单位面积、单位投资、单位人口的产出成为特色小镇建设的必由之路。但构建特色优势产业并不容易，如何判断特色小镇的准入门槛、严格特色小镇考核标准，避免特色小镇一哄而上带来资源上浪费，需要予以妥善应对。还要避免地方政府进行“土地经营”的冲动，防止特色小镇“房地产化”可能导致的房地产业对其他特色优势产业的挤出风险。