改革开放以来，在快速城镇化进程中，乡村发展受到思想观念障碍、国家支农体系相对薄弱、城市偏向政策长期延续等因素影响，在推进乡村振兴战略的实施过程中，面临着四大难点。
一是农民增收难，持续缩小城乡收入差距是短板。近年来农村居民收入增长明显乏力，农业生产对农民增收的贡献逐步下滑，农民收入的增长主要是依靠农业经营净收入之外的国家财政或第二、第三产业支撑。同时，农村居民的收入绝对水平依然很低，城乡收入差距依然很大，仍高于改革开放初期的水平，比1983年高近50%。
二是农业农村投入资金不足，实现城乡基本公共服务均等化是薄弱环节。2016年，城市的燃气普及率是村庄的4.26倍，城市的生活污水处理率是村庄的4.67倍。从卫生、养老等公共服务角度看，2016年，城市居民的人均医疗保健支出是农村居民的1.8倍，城市最低生活保障平均标准和平均支出水平分别是农村的1.6倍和2.1倍。城乡二元经济结构仍然是制约中国乡村发展的主要障碍。
三是农村生态环境遭到破坏，实现农业农村绿色发展任务艰巨。农业面源污染是造成农村生态环境恶化的重要因素，2016年，中国化肥使用强度高达每公顷359.1千克，比世界平均水平高3倍，农药使用强度则是世界平均水平的2.5倍，流失的化肥、农药给大气、水、土壤等带来严重污染。
四是各类人才短缺，提高农民素质和科学文化水平是关键。由于教育、医疗等公共服务供给长期不足，中国农民整体人力资本水平偏低的状况未得到根本转变，农村劳动力的人力资本投资处于较低水平，全国91.8%的农业从业人员仅具备初中及以下文化程度，西部和东北地区接受高中及以上教育的农业从业人员比重不超过7%。农村人口的年龄构成、科学文化水平和素质远不能满足农业农村现代化的需要，成为推进农业农村现代化亟待解决的难题。
要从根本上破解社会的主要矛盾，就必须坚持农业农村优先发展，加快推进农业农村现代化进程。
- 一要始终抓住国家粮食安全这根弦不放松；
- 二要建立乡村振兴与新型城镇化的联动机制；
- 三要构建可持续的农民增收长效机制；
- 四要明确乡村全面振兴的标志和实施路径；
- 五要采取分区分类的差别化推进策略，针对不同区域、不同类型的村庄，实行分区分类的差别化推进策略，鼓励探索多种形式的乡村振兴模式。